Fakültemiz 28.08.2003 tarih ve 25213 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan, 28/3/1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanunun değişik ek 30'uncu maddesine göre Gazi Üniversitesine bağlı olarak Gazi Üniversitesi Çorum Fen-Edebiyat Fakültesi adıyla kurulmuştur. Gazi Üniversitesine bağlı olarak Biyoloji ile Türk Dili ve Edebiyatı Bölümlerine alınan 69 öğrenci ile 2003-2004 Eğitim-Öğretim yılında öğretime başlayan ve ilk mezunlarını 2006-2007 Eğitim-Öğretim Yılı sonunda veren Fakültemiz, 2006 yılında kurulan Hitit Üniversitesi’ne bağlanmıştır.
İzleyen yıllarda; 2006 yılında Kimya, Fizik, Matematik, Tarih, Arkeoloji, 2012 yılında Antropoloji, 2013 yılında Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümleri açılmıştır. 2008'de Biyoloji, Türk Dili ve Edebiyatı, Kimya, 2009'da ise Fizik Bölümlerinin İkinci Öğretim Programları açılmıştır.
2006 yılında, Batı Dilleri ve Edebiyatı, 2012 yılında Eski Çağ Dilleri ve Kültürleri, Psikoloji, 2013 yılında Sanat Tarihi Bölümleri açılmıştır. Bugün itibariyle (2021) 85 öğretim elemanının bulunduğu Fakültemizde, 6'sı öğrenci alan 4'ü aktif olmayan toplam 10 bölüme ulaşılmış olup 1125 öğrenciyle eğitim-öğretime devam edilmektedir.
2011 yılında sadece Kimya ve Biyoloji Bölümlerinde yüksek lisans eğitimi verilmekteyken, 2016 yılı itibariyle Üniversitemiz Lisansüstü Enstitüsü bünyesinde 7 Yüksek Lisans Programında, 159 öğrencimiz Kimya, Fizik, Biyoloji, Matematik, Tarih ve Arkeoloji Bölümlerinde lisansüstü eğitimlerini sürdürmektedir. Ayrıca Tarih, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Kimya Doktora programları da mevcuttur.